Metrics
Publication
29
Open Access
8
UN Sustainable Development Goals
Education
2019 - 2024
2019 - 2024Doctorate
Ankara Yildirim Beyazit University, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji, Turkey
2014 - 2019
2014 - 2019Undergraduate
Anadolu University, Open Educatıon Faculty, Department Of Sogıology, Turkey
2014 - 2017
2014 - 2017Postgraduate
Bogazici University, Faculty Of Arts And Scıences, Department Of Molecular Bıology And Genetıcs, Turkey
2008 - 2014
2008 - 2014Undergraduate
Bogazici University, Faculty Of Arts And Scıences, Department Of Molecular Bıology And Genetıcs, Turkey
Dissertations
2024
2024Doctorate
Tüberküloz tanısı ve ilaç direncinin gösterilmesine yönelik moleküler beacon esaslı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon kiti geliştirilmesi
Ankara Yildirim Beyazit University, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri
2017
2017Postgraduate
GJB1 mutation screening and in vitro investigation of its upstream mutations
Bogazici University
Foreign Languages
C2 Mastery
C2 MasteryEnglish
Research Areas
Avesis Research Areas:
Microbiology and Clinical Microbiology
WoS Research Areas:
Molecular Biology & Genetics, Microbiology
Scopus Research Areas:
Molecular Biology
Research Areas Based on Academic Activities
Avesis Research Areas
WoS Research Areas
Scopus Research Areas
Academic Positions
2018 - Continues
2018 - ContinuesLecturer
Ankara Yildirim Beyazit University, Rektörlük Merkezi, -
Taught Courses and Trainings
2026 - 2026
2026 - 2026Temel Hücre Kültürü Uygulamaları ve qRT-PCR ile Gen İfadesi Analizi
Application Research Center - Course
Erdal E., Arı O., Karabudak S.
Articles
All (19)
SCI-E, SSCI, AHCI (17)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (18)
ESCI (1)
Scopus (17)
TRDizin (1)
Other Publications (1)
2026
20261. An improved DiaRD MTB interferon-gamma release assay for the diagnosis of Mycobacterium Tuberculosis infections.
Durmaz R., Vezir S., Ertek M., Koroglu M., Durmaz B., Ari O., et al.
Journal of microbiological methods
, pp.107498, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
2026
20262. Genomic characterization of colistin heteroresistance in Acinetobacter baumannii: Evidence for lpxD deletion and collateral sensitivity
Sancak B., Kırbaş E., Arı O., Durmaz R.
JOURNAL OF ANTIMICROBIAL CHEMOTHERAPY
, vol.81, no.4, pp.76-85, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
2026
20263. Mutations related to rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis strains in Ankara, Turkey.
Ari O., Durmaz R., Arslanturk A., Vezir S.
Acta microbiologica et immunologica Hungarica
, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
2026
20264. Nicotinamide N-methyltransferase gene silencing is associated with upregulation of X-inactive specific transcript and downregulation of stemness-related transcription factors in ovarian cancer.
Akar İnan S., Alimogullari E., Toksöz R., Arı O., Çaylı S.
Molecular biology reports , vol.53, no.1, pp.268, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20255. Metagenomic analysis of the middle ear microbiome: A next-generation sequencing approach in pediatric patients with and without effusion.
Göçer S., Arı O., Göçer C., Durmaz R.
International journal of pediatric otorhinolaryngology
, vol.196, pp.112487, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20256. Does Helicobacter pylori have a role in the pathogenesis of otitis media with effusion, or is it a fallacy??
Gunduz A. Y., Kalcioglu M. T., Celik S., Arı O., Durmaz R.
European Archives of Oto-Rhino-Laryngology
, vol.282, no.7, pp.3561-3569, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20257. Development of a Multiplex Real-Time PCR for Diagnosis of Tuberculosis and Multidrug Resistance
ARI O., DURMAZ R., Vezir S., Arslanturk A.
Current Microbiology , vol.82, no.5, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20258. Performance of a molecular beacon-based qPCR method for detection of fluoroquinolone resistance in Mycobacterium tuberculosis: A study confirmed by sequencing.
Arı O., Durmaz R., Arslanturk A.
Diagnostic microbiology and infectious disease , vol.112, no.4, pp.116865, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20249. Molecular characterization of the multi-drug resistant Myroides odoratimimus isolates: a whole genome sequence-based study to confirm carbapenem resistance
Yartasi E., DURMAZ R., ARI O., Mumcuoglu I., Dinc B.
International Microbiology , vol.27, no.4, pp.1169-1180, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202310. Molecular epidemiological investigation of carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae isolated from intensive care unit patients of six geographical regions of Turkey.
KÖSE Ş., DAL T., Çetinkaya R. A., ARI O., Yenilmez E., Temel E. N., et al.
Journal of infection in developing countries
, vol.17, no.10, pp.1446-1451, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202211. Whole-Genome Sequence Analysis of Carbapenem-Heteroresistant Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli Isolates
Sancak B., Arı O., Durmaz R.
Current Microbiology , vol.79, no.12, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202212. The determination of the relationship between p97/VCP, small VCP-interacting protein, two ERAD proteins and steroidogenesis in Leydig cell lines
ALİMOĞULLARI E., Akcan G., ARI O., ÇAYLI S.
Molecular Biology Reports , vol.49, no.10, pp.9159-9170, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202213. Moleküler Epidemiyoloji: Tanımı Ve Kullanım Alanları (Molecular Epidemiology: Definition And Usage Areas)
ARI O., ÖZTAŞ D., DURMAZ R.
GEVHER NESIBE JOURNAL OF MEDICAL & HEALTH SCIENCES
, vol.7, no.16, pp.46-48, 2022 (Peer-Reviewed Journal)
2021
202114. Mycobiome in the Middle Ear Cavity with and Without Otitis Media with Effusion.
Durmaz R., Durmaz B., Arı O., Abdulmajed O., Çelik S., Kalcıoğlu M. T.
Turkish archives of otorhinolaryngology , vol.59, no.4, pp.261-270, 2021 (ESCI, TRDizin)
2021
202115. Respiratory viruses in the healthy middle ear and middle ear with otitis media with effusion
Durmaz B., Abdulmajed O., DURMAZ R., Koroglu M., ARI O., Celik S., et al.
Journal of Medical Virology
, vol.93, no.11, pp.6140-6147, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202116. Microbiological investigation of samples collected from healthy middle ears during cochlear implant surgery
Kalcioglu M. T., DURMAZ R., ARI O., Celik S., KARABUDAK S.
Diagnostic Microbiology and Infectious Disease , vol.100, no.4, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202017. A healthcare-associated outbreak of urinary tract infections due to myroides odoratimimus
Kutlu H. H., Avcı M., Dal T., Arı O., Durmaz R.
Japanese Journal of Infectious Diseases
, vol.73, no.6, pp.421-426, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201918. The bacteriome of otitis media with effusion: Does it originate from the adenoid?
ARI O., KARABUDAK S., Kalcioglu M. T., Gunduz A. Y., DURMAZ R.
International Journal of Pediatric Otorhinolaryngology , vol.126, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201919. Analysis of the effect of smoking on the buccal microbiome using next-generation sequencing technology
Karabudak S., Ari O., Durmaz B., Dal T., Basyigit T., KALCIOĞLU M. T., et al.
Journal of Medical Microbiology
, vol.68, no.8, pp.1148-1158, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
Papers Presented at Peer-Reviewed Scientific Conferences
2025
20251. SAĞLIKLI ORTA KULAK FLORASI ILE EFÜZYONLU OTIT ETKENLERININ “YENI NESIL DIZILEME YÖNTEMINE DAYALI METAGENOMIK ANALIZ YÖNTEMI” VE “KÜLTÜR YÖNTEMI” ILE ARAŞTIRILIP KARŞILAŞTIRILMASI
KALCIOĞLU M. T., ÇELİK S., YAKUT E., GÜMÜŞTAŞ M. Y., ARI O., KOÇOĞLU M. E., et al.
46. TÜRK ULUSAL KULAK BURUN BOĞAZ VE BAŞ BOYUN CERRAHİSİ KONGRESİ, Cyprus (Kktc), 5 - 09 November 2025, (Summary Text)
2024
20242. Tüberküloz ve Çok İlaca Direnç Tanısı için Gerçek Zamanlı Multipleks PCR Yöntemi Geliştirilmesi
ARI O., DURMAZ R., VEZİR S., Arslantürk A.
XLI. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 13 - 17 November 2024, (Summary Text)
2024
20243. Mycobacterium tuberculosis Suşlarında gyrA Mutasyonlarının Tespitinde Kullanılacak qPCR Testinin Tasarımı
Arı O., Durmaz R., Arslantürk A., Vezir S.
XLI Türk Mikrobiyoloji Kongresi 13-17 Kasım 2024, Antalya, Turkey, 13 November 2024, (Summary Text)
2024
20244. Gastrik Biyopsi Örneklerinde Helicobacter pylori Saptanması, Klaritromisin ve Levofloksasin Direncinden Sorumlu Mutasyonların Araştırılması
ÇUHACI Ü., DURMAZ B., KALCIOĞLU M. T., ÇELİK S., ZENGİNKİNET T., BAHADIR Ö., et al.
XLI Türk Mikrobiyoloji Kongresi 13-17 Kasım 2024, Turkey, 13 - 17 November 2024, (Summary Text)
2021
20215. Türkiye’de Yoğun Bakım Ünitelerinde Yatan Hastalardan Elde Edilen Karbapenem Ve/Veya Kolistine Dirençli Klebsiella Pneumoniae İzolatlarının Moleküler Epidemiyolojik Olarak Araştırılması: Çok Merkezli Bir BUHASDER Çalışması
KÖSE Ş., DAL T., ÇETİNKAYA R. A., ARI O., YENİLMEZ E., NURLU TEMEL E., et al.
9.Buhasder Kongresi, Turkey, 24 November 2021, (Summary Text)
2021
20216. Mechanisms of carbapenem heteroresistance in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli isolates
Sancak B., Arı O., Durmaz R.
The 31st ECCMID, the European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Basel, Switzerland, 9 - 12 July 2021, pp.196, (Summary Text)
2019
20197. Efüzyonlu Otititis Mediada Mikrobiyota Adenoidden mi Köken Almakta?
Arı O., Karabudak S., Kalcıoğlu M. T., Gündüz Y., Durmaz R.
41. Türk Ulusal Kulak Burun Boğaz ve Baş Boyun Cerrahisi Kongresi, Antalya, Turkey, 13 - 17 November 2019, pp.130, (Summary Text)
2018
20188. ANALYSIS OF THE EFFECT OF SMOKING IN ORALMICROBIOME USING THE NEXT GENERATIONSEQUENCING TECHNOLOGY
Karabudak S., Arı O., Durmaz B., Dal T., Başyiğit T., Durmaz R.
XXXVIII. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 04 November 2018, (Summary Text)
2018
20189. Vejeteryan Beslenmenin Bağırsak Miktobiyotasına Etkisi
ARI O., KARABUDAK S., DURMAZ R.
Uluslararası Avrasya Doğal Beslenme ve Sağlıklı Yaşam Zirvesi Kongre & Sergi, Ankara, Turkey, 12 July 2018, (Summary Text)
Books
2022
20221. Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyon Yönteminin Tipleri ve Prensipleri
ARI O., DURMAZ R.
in: Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji, Durmaz Rıza, Eser Özgen, Otlu Barış, Editor, AKADEMİSYEN YAYINEVİ, Ankara, pp.99-112, 2022
Funded Projects
2026 - Present
2026 - PresentBağırsak Kökenli Bakterilerde Mikroplastik Maruziyetinin Oksidatif Stres ve Endotoksisite Üzerine Etkileri ve Postbiyotiklerle Modülasyon
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP Research Project
KARABUDAK S. (Executive), AKSUN TÜMERKAN E. T., ARI O., AYDIN B.
2026 - 2028
2026 - 2028
An Explainable AI-Integrated Single-Tube Multiplex qPCR Assay for the Detection of Mycobacteria in Clinical Specimens and Accurate Identification of Clinically Important Species
R&D Project of Group B
(Project Abstract)
Durmaz R. (Executive), Arı O., Arslan H., Arslantürk A., Durmaz B., Kocataş E. N., et al.
2024 - 2024
2024 - 2024Researchers' Night for Citizens & Researchers' Meeting for Science and Art Centers
Horizon Europe Project , Horizon Europe Project
(Project Abstract)
Arı O.
2023 - 2024
2023 - 2024
Tüberküloz Tanısı ve İlaç Direncinin Gösterilmesine Yönelik Moleküler Beacon Esaslı Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyon Kiti Geliştirilmesi: Rifampisin İzoniazid Florokinolon ve Linezolid Direncinden Sorumlu Mutasyonların Belirlenmesi
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP PhD
DURMAZ R. (Executive), ARI O.
2023 - 2024
2023 - 2024Tüberkülozun tanısı, çok ilaca direnç ve yaygın ilaç direncinin gösterilmesinde kullanılacak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon esaslı kitlerin geliştirilmesi
Emergency R&D Project of Group A
(Project Abstract)
Arı O. (Executive), Durmaz R., Arslantürk A., Vezir S.
2021 - 2024
2021 - 2024Endoskopik gastrit tanısı almış çocuk hastalarda tanımlanan Helicobacter pylori suşlarında antibiyotik direnci EPIYA motif ve klonal ilişkinin araştırılması
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP Research Project
HIZLI Ş. (Executive), ARI O., DURMAZ R., DERECİ S., YILDIRIM F., YAVAŞ A. M., et al.
2022 - 2023
2022 - 2023Effüzyonlu otitis media patogenezinde Helicobacter pylori’nin rolü: Klaritromisin direnci, EPIYA motifleri ve baskın AP-PCR klonlarının sürece katkısının irdelenmesi
Emergency R&D Project of Group A
Kalcıoğlu M. T.(Executive), Durmaz R., Çelik S., Gündüz Y., Arı O.
2021 - 2022
2021 - 2022Çok İlaca Dirençli Myroides Klinik İzolatlarının Ayrıntılı Moleküler Karakterizasyonu
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP Research Project
DURMAZ R. (Executive), ARI O., MUMCU İ., DİNÇ B., YARTAŞI E.
Awards