Kan Kültürlerinden İzole Edilen Klebsiella pneumoniae Suşlarında Hipervirülans ve Karbapenemaz Genlerinin Belirlenmesi ve Klonal İlişkilerinin Değerlendirilmesi

Süzük S.(Yürütücü), Arı O., Durmaz R., Şahin Sabur S.

TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi, 2026 - 2027

Proje Türü: TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi
Başlama Tarihi: Eylül 2026
Bitiş Tarihi: Eylül 2027

Proje Özeti

Klebsiella pneumoniae, Gram negatif bakteriler arasında kan dolaşım yolu enfeksiyonlarının en önemli etkenlerinden biri olup artan karbapenem direnci ve hipervirülans özellikleri nedeniyle ciddi bir halk sağlığı tehdidi oluşturmaktadır. Özellikle karbapenemaz üretimi ve hipervirülans genlerini birlikte taşıyan suşlar tedavi seçeneklerini dramatik biçimde kısıtlamakta, mortaliteyi artırmakta ve hastane içi yayılım potansiyeli nedeniyle enfeksiyon kontrol açısından önemli bir risk oluşturmaktadır.

Bu projenin temel amacı, 2025 yılı içinde hastanemiz kan kültürlerinden izole edilen yaklaşık 80 K. pneumoniae suşunda karbapenemaz genleri ile hipervirülans genlerinin birlikte bulunma sıklığını belirlemek, bu suşların klonal yayılım örüntülerini ortaya koymak ve klinik açıdan yüksek riskli klonları tanımlamaktır.

Çalışmaya MALDI-TOF MS ile doğrulanmış, bakteriyemi etkeni K. pneumoniae izolatları dahil edilecektir. Karbapenem duyarlılığı sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle çalışılacak ve EUCAST 2026 klinik sınır değerlerine göre değerlendirilecektir. Hipermukoviskozite, string testi ile fenotipik olarak belirlenecektir. Moleküler düzeyde bla_OXA-48, bla_NDM, bla_VIM, bla_IMP ve bla_KPC karbapenemaz genleri; rmpA, rmpA2, iucA, iroB ve peg344 hipervirülans genleri ile magA/wzyK1 ve wzyK2 kapsül genleri konvansiyonel PCR yöntemiyle araştırılacaktır. PFGE analizi kapsamında XbaI ebzimi ile kesilen izolatlar UPGMA algoritması ve Dice benzerlik katsayısı kullanılarak kümelenecek; %85 ve üzerinde benzerlik gösteren izolatlar aynı klonal grup içinde değerlendirilecektir. Farklı klonal grupları temsil eden yaklaşık 10 izolata tüm genom dizileme analizi yapılacak MLST, direnç ve virülans gen profili ile plazmid tiplendirmesi gerçekleştirilecektir.

Proje kapsamında elde edilen veriler Fisher testi veya ki-kare ile istatistiksel olarak değerlendirilecek; klonal dağılım ve gen profilleri ile epidemiyolojik harita olarak sunulacaktır. Çalışma bulguları sayesinde karbapenemaz ve hipervirülans genlerini eş zamanlı hedefleyen multipleks bir PCR tanı kiti geliştirilmesini amaçlayan yeni bir proje başvurusunda bulunulması hedeflenmektedir. Bu kit, rutin klinik laboratuvar uygulamalarında hızlı risk sınıflandırmasına ve enfeksiyon kontrol komitelerinin erken müdahale kapasitesinin güçlendirilmesine katkı sağlayacaktır.

Proje 12 ay sürecek olup beş iş paketinden oluşmaktadır: izolatların toplanması ve klinik veri kaydı (1 ay), fenotipik analizler (2 ay), moleküler gen analizleri (3 ay), PFGE ve klonal analiz (2 ay), tüm genom çalışması ve istatistiksel analiz (4 ay). Çalışmanın beklenen somut çıktıları arasında hastanemize özgü epidemiyolojik veriler, klonal yayılım haritası ve enfeksiyon kontrol komiteleri için erken uyarı niteliğinde bulguların yanı sıra özgün bir multipleks PCR protokolü yer almaktadır.