Tüberkülozun tanısı, çok ilaca direnç ve yaygın ilaç direncinin gösterilmesinde kullanılacak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon esaslı kitlerin geliştirilmesi

Arı O. (Yürütücü), Durmaz R., Arslantürk A., Vezir S.

TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi, 2023 - 2024

Proje Türü: TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi
Başlama Tarihi: Mart 2023
Bitiş Tarihi: Aralık 2024

Proje Özeti

Tüberküloz (TB), Mycobacterium tuberculosis'in bakterisinin neden olduğu antik çağlardan beri küresel halk sağlığını tehdit eden ölümcül salgın hastalıklardan biridir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) verilerine göre, 2020 yılında yaklaşık 10 milyon yeni tüberküloz vakası ve 1,5 milyon ölüm meydana geldiği tahmin edilmektedir. Tüberküloz’un tedavisi, M. tuberculosis bakterisinin çok ilaca dirençli ve yaygın ilaç dirençli suşlarının ortaya çıkmasıyla daha da zor bir hal almıştır. Dünyada her yıl 500.000 ÇİD-TB vakası çıkmaktadır. Türkiye’de ise son verilere göre yılda 12.000 civarında tüberküloz vakası ortaya çıkmaktadır ve 2020 yılında toplamda 176 ÇİD-TB vakası tespit edilmiştir. ÇİD-TB suşlarının oluşmasında, en önemli etken Rifampisin (RİF) direncidir. RİF direnci, rpoB geninin 81 bç’lik bölgesindeki mutasyonlar nedeniyle ortaya çıkmaktadır. Bunun yanında katG geni ve inhA promotör bölgesindeki mutasyonlar ile ilişkili olan izoniazid (INH) direnci de ÇİD-TB suşlarında bulunmaktadır. Bunların yanında YİD-TB’ye neden olan florokinolon ve linezolid direci de tüberküloz tedavisini zorlaştırmaktadır. Son yıllarda ÇİD-TB ve YİD-TB de dahil olmak üzere dirençli suşların tanısında moleküler tekniklerin kullanımı yaygınlık kazanmıştır. Ticari olarak piyasada kullanımda olan birçok tanı kiti olsa da bu kitler maliyet, duyarlılık ve kapsam olarak bazı dezavantajlara sahiptir. Bu dezavantajları ortadan kaldırmak amacıyla doğrudan klinik örneklerden M. tuberculosis varlığının gösterilmesi yanında RIF, INH, florokinolon ve linezolid direncine yol açan mutasyonların tespiti ile ÇİD-TB ve YİD-TB suşlarına de 2-3 saat içinde tanı koyabilecek bir mültipleks PCR tanı kitinin optimizasyon ve validasyon çalışmalarını takiben klinik örneklerde uygulanabilir formatta üretilmesi hedeflenmiştir. Kitin tasarımında hedeflenen mutasyonlara yönelik yüksek duyarlılık sağlayan moleküler beacon prob tabanlı gerçek zamanlı mültipleks PCR teknolojisi kullanılacaktır. Böylece hem tanı hem de araştırma amaçlı, birçok laboratuvarda kullanılabilecek ticari değeri olan bir ürün ortaya çıkarılacaktır.