APC gene analysis in familial adenomatosis polyposis: 3 new mutations in Turkish population


Creative Commons License

CEYLAN A. C. , GÜLEÇ CEYLAN G.

ACTA ONCOLOGICA TURCICA, vol.53, no.3, pp.373-377, 2020 (Other Refereed National Journals)

  • Publication Type: Article / Article
  • Volume: 53 Issue: 3
  • Publication Date: 2020
  • Doi Number: 10.5505/aot.2020.08931
  • Title of Journal : ACTA ONCOLOGICA TURCICA
  • Page Numbers: pp.373-377

Abstract

INTRODUCTION: Colorectal cancer (CRC) is among the three most common types of cancer worldwide. Less than 10% of CRC patients are associated with germline mutations that form hereditary CRC syndromes. APC gene mutations in the familial adenomatous polyposis (FAP) leading to the adenomatous polyp are at the top of these diseases. In our study, we aimed to determine the type and structure of APC mutations observed in Turkish society.

METHODS: 24 patients applied to our clinic for FAP. Peripheral blood sample was collected from these patients and DNA isolated. Sequencing was performed with the new generation sequencing method in the Illumina MiSeq system. Data analyzes were performed on QIAGEN Clinical Insight (QCITM).
RESULTS: Pathogenic mutation was detected in 6 (25%) of 24 patients, while two different pathogenic mutations (c.3183_3187delACAAA and c.163C> T) were detected in one patient. The c.2309C> G (p.S770*) mutation was detected in two siblings. In addition, c.4393_4394delCC (p.S1465fs*3), c.4405_4406dupCA (p.Q1469fs*5), c.4312delA (p.T1438fs*35), c.3927_3931delAAAGA (p.E1309fs*4) mutations were detected.

DISCUSSION AND CONCLUSION: As the main causes of FAP, mutations in the APC gene have been reported most frequently. There are more than 2000 mutations in the literature. In our study, 25% pathogenic mutations were detected in accordance with the literature. Of these mutations, c.163C> T (p.Q55*) in exon 1 and c.4312delA (p.T1438fs*35) in exon 16, are reported for the first time. With the reporting of new mutations, it is seen that especially the 1st and 14th exons besides the 16th exon can take place and the structure of the gene can be better understood with new mutations.

GİRİŞ ve AMAÇ: Kolorektal kanser (KRK), tüm dünyada en sık görülen üç kanser tipi arasındadır. KRK hastalarının %10’undan azı herediter KRK sendromlarını oluşturan germline mutasyonlar ile ilişkilidir. Bu hastalıkların başında adenomatöz poliple giden ailesel adenomatöz polipoziste (FAP) APC geni mutasyonları gelir. Çalışmamızda Türk toplumunda gözlenen APC mutasyonlarının tipini ve yapısını belirlemeyi amaçladık. YÖNTEM ve GEREÇLER: Kliniğimize FAP nedeniyle 24 hasta başvurdu. Bu hastalardan çalışma için periferik kan örneği alınıp, DNA izolasyonu yapıldı. Sekanslama işlemi Illumina MiSeq sisteminde yeni nesil dizilemeyöntemi ile gerçekleştirildi. Veri analizleri QIAGEN Clinical Insight (QCITM) üzerinde gerçekleştirildi. BULGULAR: 24 hastanın 6’sında (%25) patojenik mutasyon tespit edilirken, bir hastada iki farklı patojenikmutasyon (c.3183_3187delACAAA ve c.163C>T) tespit edildi. c.2309C>G(p.S770*) mutasyonu iki kardeşte tespit edildi. Bunlar dışında c.4393_4394delCC(p.S1465fs*3), c.4405_4406dupCA(p.Q1469fs*5),c.4312delA(p.T1438fs*35), c.3927_3931delAAAGA(p.E1309fs*4) mutasyonları tespit edildi. TARTIŞMA ve SONUÇ: FAP’ın nedenlerinden olarak en sık APC genindeki mutasyonlar bildirilmiştir. Literatürde 2000’den fazla mutasyon yer almaktadır. Bizim çalışmamızda literatür ile uyumlu olarak %25 patojenik mutasyon saptandı. Bu mutasyonlardan 1. ekzondaki c.163C>T (p.Q55*) ile 16. Ekzondakic.4312delA(p.T1438fs*35), c.4405_4406dupCA (p.Q1469fs*5), ilk defa bizim çalışmamızda bildirilmektedir. Yeni mutasyonların bildirilmesi ile genin özellikle 16. ekzon dışında 1. ve 14. ekzonlarının da önemli yer alabileceğini ve yeni mutasyonlarla genin yapısının daha iyi anlaşılabileceği görülmektedir.