Nöropsikiyatrik Bozukluğu Olan Hastalarda Kopya Sayısı Değişikliklerinin Yeniden Değerlendirilmesi


Creative Commons License

CEYLAN A. C. , ERDEM H. B.

Kocatepe Tıp Dergisi, cilt.22, sa.1, ss.35-41, 2021 (Diğer Kurumların Hakemli Dergileri)

  • Yayın Türü: Makale / Tam Makale
  • Cilt numarası: 22 Konu: 1
  • Basım Tarihi: 2021
  • Doi Numarası: 10.18229/kocatepetip.669074
  • Dergi Adı: Kocatepe Tıp Dergisi
  • Sayfa Sayıları: ss.35-41

Özet

AMAÇ: İnsan genomunda bulunan 50 bazdan büyük değişikliklere ‘Kopya Sayısı Değişiklikleri’ (Copy Number Variations-CNV) adı verilmektedir. CNV’leri saptamak için rutinde mikrodizin (microarray) yöntemi kullanılmaktadır. Mikrodizin yöntemi zihinsel yetersizliğin, otizm spektrum bozukluğunun, çoklu doğumsal anomalilerin nedeninin saptanmasında ilk basamak testi olarak önerilmektedir. Çalışmanın amacı mikrodizin analizi ile saptanan değişik- liklerin farklı filtreler ile değerlendirilip sonuçların karşı- laştırılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamız Sağlık Bakanlığı, Ankara Merkez Genetik Laboratuvarı bünyesinde farklı nöro-psi- kiyatrik bozukluk endikasyonlarla A imetrix Cytoscan Optima çipleri ile mikrodizin yapılmış 500 hasta verisinin retrospektif değerlendirilmesi ile yapılmıştır. 500 hasta- nın verileri standart analiz yöntemi ile ve daha yüksek duyarlıkta analiz yapabilmek için 5 marker ve 1 kilobaz büyüklükteki değişiklikler incelenmiştir ve sonuçlar kar- şılaştırılmıştır.

BULGULAR: Standart analiz metodunda CNV saptanan 249 hastadan toplamda 313 CNV (%1.25) bulunmuş, daha yüksek çözünürlüklü analizde 362 hastadan 939 (%2.6) CNV tespit edilmiştir. Standart analizde 53 CNV saptanırken, yeni analiz metodunda 56 CNV saptanmış- tır. Klinik anlamı bilinmeyen olarak sını anan CNV sayısı Standart yöntemde 105 iken, önerdiğimiz yeni analiz me- todunda 318 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmamız sı- rasında toplum frekansı %1’den büyük olan 12 CNV tespit edilmiştir.

SONUÇ: Sonuç olarak yeni yöntem testin tanı verme yüzdesini 10.7’den 11.3’e çıkarmış olmakla birlikte, klinik anlamı bilinmeyen ve olası yanlış pozitif sonuçları arttır- maktadır. Bu da analizi daha yüksek duyarlılıkla yapmakla birlikte, hem analiz süresini hem de testteki artefakt ola- rak adlandırılabilecek diğer sonuçların artmasına neden olmuştur. Ayrıca çalışmamızda Türk toplumunda göreceli olarak sık görülen 12 adet CNV bildirilmiştir.

OBJECTIVE: Chromosome segment variations involving more than 50 bases are called Copy Number Variations (CNV). Chromosomal microarray method is used to de- tect CNVs in a routine practice. Chromosomal microarray analysis (CMA) is a first-tier test in the evaluation of in- dividuals with intellectual disability and developmental delay with the diagnostic yield ranging from 5 to 20% varying based on population examined. The Internatio- nal Standard for the Consortium of Cytogenomic Array recommended CMA as a first-stage cytogenetic diagnos- tic test for patients with CA and ID / GDD. This study ai- med to compare the standard and new high resolution analyze methods.

MATERIAL AND METHODS: Our study was carried out with retrospective evaluation of 500 patients with CMA with di erent indications with A ymetrix Cytoscan Opti- ma chips in Ankara Atatürk Research and Education Hos- pital.

RESULTS: In the standard analysis method, 313 CNVs was detected at 298 patients. New analyze method dete- cted 939 CNVs at 362 patients. Standard analysis method could not detect 3 pathogenic CNVs which were below 100-Kb. While in the standard analysis, 56 pathogenic CNVs was found in the new analysis method. The number of CNVs classified as unknown clinically was 105 in the standard method and 318 in the new analysis method. In addition, 12 CNVs with a frequency of more than 1% were detected in our study.

CONCLUSIONS: Although the new method has incre- ased the diagnostic percentage of the test from 10.7 to 11.3, it increases the clinical significance and increases the false positive results. This has led to a higher sensi- tivity of the analysis, but has led to an increase in both the duration of the analysis and other results that can be called artifacts in the test. In addition, 10 CNVs which are relatively common in Turkish population have been re- ported in our study.