LncRNA PART1 SNP (rs8176070) Polimorfizminin Türkiye’deki Diz Osteoartritli Hasta Popülasyonunda DNA Sekans Analizi ile Araştırılması

Tez Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri, Türkiye

Tez Danışmanı: Ahmet Çevik Tufan

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: Türkçe

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Osteoartrit (OA); kıkırdak degredasyonu, sinoviyal inflamasyon, subkondral kemik yeniden modellenmesi ve osteofitlerin oluşumuna yol açan kronik bir hastalıktır. Hastanın yaşam kalitesini önemli ölçüde bozan ağrı ve eklem fonksiyon kaybına yol açan, subkondral kemik ve eklem kıkırdağının ilerleyici degredasyonu ile ilişkili dejeneratif bir hastalıktır. Diz OA; diz ekleminin 3 kompartmanını (medial, lateral ve patellofemoral eklem) etkilemektedir ve genellikle 10-15 yıl içinde yavaş ilerleyerek günlük yaşam aktivitelerini bozmaktadır.

Son yıllarda yapılan çalışmalarda, kıkırdak dokusunda ve kondrositlerde kodlanmayan RNA (lncRNA) PART1 ifadesi tespit edilmiştir. PART1’in miR-373-3p/SOX4 aksisini düzenleyerek OA gelişimini uyardığı belirtilmiştir. LncRNA PART1’in insana ait 5. kromozomun q12 kolunda lokalize olduğu gösterilmiştir. OA ile ilişkisi olduğu düşünülen çok sayıda tek nükleotid polimorfizm (SNP) tanımlanmıştır. LncRNA PART1’de görülen SNP’nin (rs8176070), Türkiye’deki diz OA popülasyonunda oluşturduğu riski test etmek için DNA sekans dizileme yöntemi kullanılarak analiz edilmesi çalışmamızın amacını oluşturmaktadır.

Çalışmamız için etik kurul izni alınarak, 102 primer OA hastasından oluşan çalışma grubu ve 81 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu çalışmamıza dahil edilmiştir. Tüm katılımcıların gönüllü onamları alınarak, fiziksel ve radyolojik muayeneleri yapılmıştır. Diz OA’i belirlenen bireylerin Kellgren-Lawrence ölçeğine göre dereceleri (grade 1-4) belirlenip Western Ontario and McMaster Universities Index (WOMAC) anketleri yapılmıştır. Her katılımcıdan 5 ml periferal venöz kan alınmış ve genomik DNA izolasyonları ticari kitler ile yapılmıştır. Saflaştırılan genomik DNA’nın spektrofotometrik absorbansları ölçülerek konsantrasyonları hesaplanmış ve 1 mikrogram (µg) olacak şekilde standart polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için kullanılmıştır. PART1 DNA dizisi için primerler dizayn edilmiştir ve PCR koşulları optimize edilmiştir. PCR reaksiyonu sonucu 508 baz çift (bç)’lik ürün elde edilmiştir. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) yöntemi ile BseYI restriksiyon enzimi SNP (rs8176070) polimorfizminin olduğu bölgede tanıma dizisine (5'-C^▼CCAGC-3') göre enzim kesim işlemini gerçekleştirmiştir. DNA sekans analizi polimorfizm çalışmalarında için altın standart durumunda olduğu için çalışmamızdaki tüm bireylerin DNA sekans analizleri gerçekleştirilmiştir.

Çalışmaya alınan bireylerin yaş ortancası (ÇAG) OA grubunda 60.5 yıl (ÇAG: 53.8-67.0), kontrol grubunda 46.0 yıl (ÇAG: 40.5-51.0) olarak elde edilmiştir. OA grubunun %75.5’inin (n=77), kontrol grubunun %55.6’sının (n=45) kadın olduğu görülmüştür. İki grup karşılaştırıldığında, OA grubu hastaların yaş ortalaması ve cinsiyetinin kadın olma oranının kontrol grubuna göre anlamlı düzeyde daha yüksek olduğu belirlenmiştir (p<0.05). Benzer şekilde hasta grubunda Beden Kitle İndeksi (BKİ) ve WOMAC puanı kontrol grubuna göre daha yüksek elde edilmiştir (p≤0.001). Hasta grubunun Kellgren-Lawrence derecesine göre dağılımı demografik veri tablosunda (Tablo 4.1) verilmiştir. Yabanıl tip genotip (CC) "bb", heterozigot polimorfik genotip (CN) "Bb" ve homozigot polimorfik genotip (NN) "BB" olarak kodlanmıştır. OA ve kontrol grubunda genotip dağılımı incelendiğinde, OA grubunun %13.8’i (n=14) ile kontrol grubunun %13.6’sında (n=11) homozigot polimorfik (NN) "BB" genotip, OA grubunun %43.1’i (n=44) ile kontrol grubunun %45.7’sinde (n=37) heterozigot polimorfik (CN) "Bb" genotipi ve OA grubunun %43.1’i (n=44) ile kontrol grubunun %40.7’sinde (n=33) yabanıl tip (CC) "bb" genotip tespit edilmiştir (Tablo 4.2). Sonuç olarak BB veya Bb genotipleri için odds oranları istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p>0.05). Gruplarda allel dağılımları benzerdir(p=0.875).

Literatürde, SNP (rs8176070) ile OA arasındaki olası ilişkiyi analiz etmiş mevcut popülasyon çalışmalarından bir kısmı pozitif ilişki tarif ederken, bir kısmı ise negatif yönde sonuç bulmuştur. Bizim çalışmamızda da, Türk diz OA’li olgularda lncRNA PART1 SNP (rs8176070) ile diz OA’i arasında anlamlı bir ilişki olmadığı gösterilmiştir. SNP(rs8176070) ile OA ilişkisini analiz eden ileri popülasyon çalışmalarına ihtiyaç vardır.

Anahtar Kelimeler: LncRNA PART1, osteoartrit, SNP (rs8176070)